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En 1536, cette dernière est reconstruite en bois avec des piliers en pierres sous la direction de Guillaume de Marceilles. Une tour gothique coiffée d'une grande flèche octogonale est ajoutée en 1540. La même année François Ier confie le projet d'urbanisme et de fortification à l'architecte italien Girolamo Bellarmato. Celui-ci a les pleins pouvoirs et organise le quartier Saint-François selon des normes précises (plan orthogonal, limitation de la hauteur des maisons, etc.). La première école et la halle aux grains sont érigées. Les années 1550 voient la création de plusieurs institutions municipales : l'hôtel de ville, l'amirauté, l'hôpital, le siège de la vicomté et du bailliage.
Sources : fr.wikipedia.org
La Réforme connaît un relatif succès en Normandie. Dès 1557, Jean Venable, libraire colporteur de Dieppe, diffuse en pays de Caux et en Basse-Normandie les écrits de Martin Luther et de Jean Calvin. Un premier temple protestant est construit au Havre en 1600 dans le quartier Sanvic, à l'emplacement du 85, rue Romain-Rolland. Il sera détruit en 1685, à la révocation de l'édit de Nantes par Louis XIV. Il faut attendre 1787 et l'Édit de tolérance du roi Louis XVI pour que les protestants havrais ouvrent à nouveau un lieu de culte dans le quartier Saint-François. Le Havre est touchée par les guerres de Religion : le 8 mai 1562, les réformés prennent la ville, pillent les églises et expulsent les catholiques. Redoutant une contre-attaque des armées royales, ils se tournent vers Élisabeth Ire d'Angleterre qui leur envoie, en vertu du traité d'Hampton Court, 3 000 hommes commandées par le comte de Warwick qui débarquent au Havre le 4 octobre 1562. Gabriel Ier de Montgommery se met à la tête des révoltés. Les protestants construisent des fortifications. Les troupes de Charles IX, commandées par le connétable de Montmorency, attaquent la ville et les Anglais en sont finalement chassés le 29 juillet 1563. Le fort bâti par les Anglais est détruit et la tour de la cathédrale Notre-Dame est abaissée sur les ordres du roi de France. Celui-ci ordonne la construction d'une nouvelle citadelle qui est achevée en 1574. De nouvelles fortifications sont mises en place entre 1594 et 1610. En 1581 débute l'aménagement d'un canal entre Harfleur et l'estuaire de la Seine.
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La fonction de défense du Havre est réaffirmée et la modernisation du port débute au XVIe siècle, sur ordre du cardinal de Richelieu, gouverneur de la ville : l'arsenal et le bassin du Roy sont aménagés, les remparts sont renforcés et une forteresse est construite. C'est dans cette dernière que Mazarin fait emprisonner les princes frondeurs, Longueville, Conti et Condé. Au début du règne de Louis XIV, Colbert décide de rénover les infrastructures portuaires et militaires : les travaux durent 14 ans. En 1669, le ministre inaugure le canal du Havre à Harfleur, appelé aussi « canal Vauban ».
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Le Havre affirme sa vocation maritime et internationale au cours du XVIIe siècle : la Compagnie de l'Orient s'y installe dès 1643. On importe d'Amérique des produits exotiques (sucre, coton, tabac, café et diverses épices). La traite des Noirs enrichit les négociants locaux, surtout au XVIIIe siècle. Avec 399 expéditions négrières aux XVIIe et XVIIIe siècles, Le Havre figure au troisième rang des ports français ayant pratiqué la traite atlantique, derrière Nantes et La Rochelle. Cependant, le commerce maritime est soumis aux relations internationales et au contexte européen : les guerres de Louis XIV et de Louis XV interrompent momentanément l'essor du Havre. Les Anglo-Hollandais bombardent la ville à plusieurs reprises, notamment en 1694 et en 1696.
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