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Le Ier corps se distingua en décembre 1806 dans les combats pour le contrôle de la route reliant Toruń à Grodno ; toutefois le ravitaillement était insuffisant et Bernadotte obtint de Napoléon l'autorisation de prendre ses quartiers d'hiver. Pendant ce temps, les troupes de Bennigsen continuaient de se battre et lancèrent une attaque surprise contre Ostróda, mais Bernadotte réagit rapidement et, le 25 janvier 1807, défit le général Markov à la bataille de Mohrungen. À la fin du mois de janvier, Napoléon essaya d'attirer Bennigsen dans un piège, mais l'interception de courriers français permit au commandant en chef de l'armée russe d'éventer la manœuvre. L'Empereur décida finalement de marcher sur Königsberg, au nord-est. Le Ier corps ne reçut ses ordres qu'avec une semaine de retard et ne put pour cette raison participer à la bataille d'Eylau. Le maréchal accusa par la suite Napoléon d'avoir délibérément empêché ses troupes de prendre part au combat. S'étant rendu compte de la méprise commise par Berthier dans la transmission des ordres, Napoléon écrivit à Bernadotte pour complimenter le dévouement de ses soldats et les deux hommes discutèrent respectueusement de la situation.
Sources : fr.wikipedia.org
=== Gouverneur de Hambourg === En mars 1807, Bernadotte s'installa au château de Schlobitten où il reçut la visite inattendue de Désirée, qui avait parcouru 1 300 km en plein hiver et sur des routes en mauvais état pour venir le rejoindre. Bennigsen ayant de nouveau attaqué le Ier corps à Elbing, Bernadotte se porta sur Spanden où il repoussa le 4 juin plusieurs assauts des Russes. Le lendemain, alors qu'il encourageait ses soldats occupés à défendre un pont, une balle lui érafla le cou et le blessa grièvement. Il fut transporté à la forteresse de Marienbourg où il effectua sa convalescence sous la surveillance de Désirée. En raison de sa blessure, il ne put participer à la bataille de Friedland qui mit fin à la campagne mais il fut suffisamment rétabli pour assister aux cérémonies organisées pour la paix de Tilsit en juillet 1807.
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Peu de temps après, il fut nommé gouverneur des villes hanséatiques — Hambourg, Brême et Lübeck —, avec quartier général à Hambourg. Napoléon voulait faire appliquer le Blocus continental en Allemagne du Nord afin d'interrompre toute relation commerciale entre cette région et la Grande-Bretagne et favoriser au contraire les échanges avec la France. Bernadotte reçut l'ordre d'empêcher les Britanniques de s'implanter au Danemark et de se préparer à envahir la Suède, cette dernière ayant reçu des subsides supplémentaires de la part du Royaume-Uni. Le maréchal se rendit très vite compte que l'application rigoureuse du blocus entraînerait des conséquences financières catastrophiques pour les villes relevant de son autorité, et il fit preuve d'une certaine souplesse en matière commerciale, ce dont les habitants lui furent reconnaissants. Le Danemark était une question tout aussi sensible, l'attaque britannique contre Copenhague ayant eu lieu un mois seulement après l'arrivée de Bernadotte à Hambourg. Ce dernier n'avait ni troupes ni plan pour aider les Danois, mais il reçut au mois d'octobre le renfort de contingents hollandais du Jutland et espagnols de Fionie. Dans les premiers jours de février 1808, Bernadotte pénétra au Danemark avec une armée composée d'unités françaises, hollandaises, danoises et espagnoles pour envahir la province suédoise de Scanie. Napoléon avait promis son soutien au tsar Alexandre Ier dans la guerre de Finlande qui opposait la Russie à la Suède, mais l'empereur français n'avait aucun intérêt à faciliter la victoire de son nouvel allié.
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De son côté, Bernadotte fit savoir à Berthier qu'il estimait possible de franchir l'Öresund, d'occuper le sud de la Suède et « peut-être même d'atteindre Stockholm ». Il émit toutefois des réserves sur la loyauté des troupes espagnoles et pensait qu'il serait difficile d'occuper tout le pays. Bernadotte, qui avait suivi de près la situation en Suède durant son séjour à Hambourg, informa Napoléon qu'il existait au sein de la noblesse suédoise un parti francophile mais résolument opposé au Danemark. Le maréchal en concluait qu'une ingérence française dans les affaires scandinaves au profit de Copenhague serait une grave erreur. Alors qu'il opérait au Danemark, il résida quelques jours à Odense où Désirée le rejoignit avec son fils Oscar au mois de mars. Son épouse, trouvant la ville trop ennuyeuse, écourta sa venue mais elle retrouva son mari lorsque celui-ci fut de retour à Hambourg à l'automne et resta avec lui tout l'hiver. En août 1808, à l'annonce du soulèvement de l'Espagne contre les Français, 9 000 soldats espagnols de l'armée de Bernadotte, sous les ordres du marquis de La Romana, réussirent à embarquer à bord de navires britanniques pour se joindre à la lutte dans leur pays natal, au nez et à la barbe de leurs anciens alliés. Napoléon ne tint pas rigueur à Bernadotte de cet incident. Peu après, il fut même approché comme candidat potentiel pour le trône d'Espagne et le commandement en chef des armées françaises dans cette région, mais le projet n'eut pas de suite. Le maréchal tomba malade en février 1809 et dut s'aliter sur l'insistance de sa femme.
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